Como te dice Napk debes verificar la codificacion de caracteres de las tablas a las cuales le haces backup, y como se restaura ese backup y que tablas tienen soporte para esa codificacion
Por ejemplo:
mysql> show create table ejemplo;
+---------+---------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Table | Create Table |
+---------+---------------------------------------------------------------------------------------------------+
| ejemplo | CREATE TABLE `ejemplo` (
`nombres` char(20) DEFAULT NULL
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1 |
+---------+---------------------------------------------------------------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)
mysql> show create table prueba;
+--------+-------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Table | Create Table |
+--------+-------------------------------------------------------------------------------------------------+
| prueba | CREATE TABLE `prueba` (
`nombres` char(20) DEFAULT NULL
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=ascii |
+--------+-------------------------------------------------------------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)
Tengo 2 tablas ejemplo y prueba, fijate que ejemplo dice CHARSET latin1 y prueba dice CHARSET ascii = US, ahora mira que datos posee ejemplo:
mysql> select * from ejemplo;
+--------------+
| nombres |
+--------------+
| Mañana |
| ortográficos |
| surgió |
| prosódicos |
+--------------+
4 rows in set (0.00 sec)
la tabla ejemplo al tener definido el idioma 'latin1' que es latino, soporta acentos, enies, etc. Sin embargo la tabla prueba que tiene definido codificacion de caracteres ascii = US
mysql> insert into prueba values('prosódicos'),('surgió'),('Mañana');
Query OK, 3 rows affected, 3 warnings (0.00 sec)
Records: 3 Duplicates: 0 Warnings: 0
mysql> show warnings;
+---------+------+-------------------------------------------------------------------+
| Level | Code | Message |
+---------+------+-------------------------------------------------------------------+
| Warning | 1366 | Incorrect string value: '\xF3dicos' for column 'nombres' at row 1 |
| Warning | 1366 | Incorrect string value: '\xF3' for column 'nombres' at row 2 |
| Warning | 1366 | Incorrect string value: '\xF1ana' for column 'nombres' at row 3 |
+---------+------+-------------------------------------------------------------------+
3 rows in set (0.00 sec)
Y mira como se ven los datos:
mysql> select * from prueba;
+------------+
| nombres |
+------------+
| pros?dicos |
| surgi? |
| Ma?ana |
+------------+
3 rows in set (0.00 sec)
Ojo con el CHARSET que tiene definido cada tabla en relacion a los registros que guarda.