http://dev.mysql.com/doc/query-browser/es/mysql-query-browser-starting-connection.html"Stored Conection" es para seleccionar configuraciones de conexion almacenadas, podes dejarlo en blanco.
Server Host logicamente es la direccion de IP o URI donde esta el servidor, si esta en tu maquina (local) poné
localhosto
127.0.0.1, es lo mimso.
"Username" es el usuario, deberias poner
root.
En "Password" pones el password que le diste a root cuando instalaste MySQL.
"Default Schema" es la base de datos (Schema) que seera usada por defecto, podes dejarlo en blanco.
Saludos