Creo que se borra por completo, para los datos creo que es:

mysqldump -u $username -p -no-create-info $database > $filename.sql

Pero creo que sólo guarda los registros, más no la estructura de la tabla

casi todos los backups incluyen staments para hacer un drop de la tabla y vovlerla a crear, con lo que se borran todos los registros existentes.

Son backups completos, no incrementales o diferenciales.

Para "fusionar" los datos que tienes existentes con el backup deberías usar otro método, como usar el log binario del MySQL.

Log Binario en MySQL
http://blog.elhacker.net/2013/01/log-binario-en-mysql.html

O hacerlo a mano... mirar los registros que no existen y añadirlos, pero buff eso es peligrosos, porque la base de datos será incositente.