Bueno, lo de ejecutar en segundo plano, no sabria decirte, pero para ir empezando con algo para lo que quieres hacer, una opcion es crear una matriz con una lista de unidades que no correspondan a tu ordenador (vamos, no poner en la matriz algo tipo "C:/" y "D:/", pero si "E:/", "F:/", y asi succesivamente hasta la "Z:/"), y, dentro de un bucle, hacer que compruebe si existe la ruta que contiene la matriz.
Entonces, a partir de aqui, y, si la ruta existe, has de hacer que el programa copie los archivos que quieras a la ruta en cuestion.
Por otra parte, bueno, anotar que es posible esconder ventanas de programas, pero solo lo he visto cuando realice una pregunta en la sección de Scripting, y mas concretamente sobre Batch, pero no se si con el script con extension ".vbs" en cuestion y que me comentaron en mi duda podria funcionar para archivos con extension ".exe", por eso.
Muchas gracias por vuestra atencion.
Saludos.