Ya probaste con el Malwarebytes Antimalware???...

 

Suerte.

- Que significa ese "y nada", que no lo detecta o que lo detecta pero no lo desinfecta?

- Revisa en VirusTotal, hay unos cuantos ficheros .PHP que supuestamente tienen un WebShell, no se si sea parte legítima del fichero en sí, o no.

- Los .PHP son ficheros de texto, solo analízalos a mano y revisa si tienen algo raro (usa un editor de texto crudo como SublimeText, Notedad3, Notepad++, etc)

- Si encuentras algo raro busca todos los ficheros que tengan la misma o muy similar fecha de modificación para realizar tu análisis manual.

- Debes de tener en cuenta de que los Antivirus pueden lanzar falsos positivos y falsos negativos, y más si se trata de Scripts, ya que estos son simple texto a ser interpretado.

- SI te es posible, sube tus ficheros a algún servidor como Mediafire, u otro, estos tienen su propio antivirus y si no detectan nada entonces también permites que alguien analice tus ficheros.

Yo que tú... FORMAT C: una máquina infectada no es fiable hasta que formateas.     

Y como consejo... habla con tus "clientes" y les dices que les vas a cobrar el soporte técnico, que un profesional te arregle la máquina. Tus clientes tienen la culpa, ellos deben pagar la solución.