El VirtualAddress de cada sección es el RVA donde se cargará en memoria cada sección, y es siempre un múltiplo de SectionAlignment.

Vamos a ver, imagínate que tienes un ejecutable con un ImageBase de 04000000h, que suele ser así en la mayoría de casos en los que no tienen relocation table.
Si el SectionAlignment es 1000h, eso significará que el VirtualAddress de cada sección deberá de ser un múltiplo de 1000h.

Es posible que la sección de código tenga un VirtualAddress de 1000h, y la sección de datos de 2000h, y así sucesivamente.

Lo que tiene que hacer el RunPE es ver que VirtualAddress tiene cada sección, sumárselo al ImageBase y escribir tantos bytes como indique el VirtualSize de la sección en la dirección de memoria del proceso ImageBase+VirtualAddress.

Así pues, imagínate que tenemos que el VirtualSize de la anterior sección de código citada es 0B5h, por decir algo. Entonces escribirá 181 bytes (en decimal lo digo) a partir de la dirección 04001000h.

Por lo que veo ahí (y no entendiendo de VB) veo que se usa SizeOfRawData en vez de VirtualSize. SizeOfRawData es lo mismo que VirtualSize pero alineado a FileAlignment (que suele ser 512h, tamaño de un sector).