Pues... todo depende del virus que sea. No hay una manera universal.

Puedes mirar primero todos los procesos corriendo en el sistema, y de ahí ver si hay alguno raro. Para esto hay que tener un gran conocimiento de los procesos que carga el sistema, y de los procesos asociados a otros programas externos.

También podrías mirar las conexiones establecidas por tu PC, para ver si hay alguna enviando datos de froma sospechosa...

También, con un programa que detecte los cambios en el registro, ver si hay cambios sospechosos o si hay claves extrañas en el registro...

El todo es echarle imaginación.

Saludos!

Mírate este taller de skapunky:

http://foro.elhacker.net/seguridad/proyecto_talleres_practicos_sobre_seguridad_informatica_orientada_al_malware-t327010.0.html