Todo se basa en crear un array de sockets y manejarlos mediante un numerito que sea el índice de ese array. Tienes propiedades para indicar el índice he inclúso lo puedes escribir en forma de objeto por ejemplo para enviar texto de la siguiente manera:

ClientSocket[indice].sendtext = "Lo que sea"

Donde X es el índice del array, solo hace falta que "sincronices" los índices para saber cual está conectado con cual IP y puerto. En internet se encuentran algúnos ejemplos, almenos hace tiempo ví sobre ello.

No, cada cliente no es configurado con un índice, la idea del array es que como tendrás varios clientes a la vez conectados, el primero se conecta al indice=0, el segundo al indice=1 y así sucesivamente.

No se como ponerte el ejemplo, no he programado un troyano de estos y no voy a escribir un codigo entéro ahora pero la idea es esa, solo es entenderla. De todas formas hay codigos en este foro sobre eso mismo pero en visual basic, solo es buscar y cuando lo veas entenderás la idea.