La parte de los dos puntos está "apañada" y digo apañada por que en realidad no uso un parseador para tratar este dato, si no que directamente elimino los dos puntos y con eso me funciona en aquellos nodos que contienen los dos puntos ( : ) y no contienen puntos ( . ), por ejemplo:

<host:VirtualHost xmi:id="VirtualHost_1391153615303" name="ABCD">
	<mimeTypes xmi:id="MimeEntry_1391153615303" type="application/RAL">
		<extensions>RAL</extensions>
		<extensions>ral</extensions>
	</mimeTypes>
</host:VirtualHost>

Para parsear el namespace host:VirtualHost y obtener el valor de la propiedad name lo que hago es eliminar los dos puntos de la siguiente manera con la función preg_replace y luego parseo el contenido como string (no como archivo) con la función simplexml_load_string:

$loadArchivoXml = file_get_contents(archivo.xml);
$loadArchivoXml = preg_replace("/(<\/?)(\w+):([^>]*>)/", "$1$2$3", $loadArchivoXml);
$loadArchivoXml = simplexml_load_string($loadArchivoXml);
foreach($loadArchivoXml->hostVirtualHost as $virtualHost) {
	echo "El valor de la propiedad name es: ".$virtualHost['name'];
}

Siendo la salida...

El valor de la propiedad name es: ABCD

Solo pongo esto por si alguno tiene el problema de parsear namespaces con dos puntos ( : ), pero no es la solución a mi problema, ya que sigo sin saber cómo tratar los namespaces con puntos ( . ) y haciendo el mismo proceso no meha funcionado  , a ver si a alguno de vosotros se os ocurre alguna idea mejor. Pongo otra vez el trozo de XML con el que quiero trabajar:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<com.ibm.ejs.models.base.bindings.webappbnd:WebAppBinding xmi:version="2.0" xmlns:xmi="http://www.omg.org/XMI"
xmlns:com.ibm.ejs.models.base.bindings.webappbnd="webappbnd.xmi" xmi:id="WebAppBinding_1267660235297" virtualHostName="ABCD_01">
  <webapp href="WEB-INF/web.xml#WebApp_1267500236267"/>
</com.ibm.ejs.models.base.bindings.webappbnd:WebAppBinding>

Un saludo y gracias de antemano.