Hola.
Se puede hacer con los métodos que ya te mencionaron, por ejemplo.
public class TiempoEjecucion{
public static void main(String args[]){
new TiempoEjecucion();
}
public TiempoEjecucion(){
int numero=10; //Aquí ingresas el número
long tiempoInicio=System.currentTimeMillis(); //Aquí se toma el tiempo de incio despues de haber ingresado el numero
ejecutaProceso(); //Aquí el método a ejecutar
long tiempoFinal=System.currentTimeMillis();
long tiempoTotal=tiempoFinal-tiempoInicio;
System.out.println("Tiempo de ejecucion "+tiempoTotal+" milisegundos");
}
public void ejecutaProceso(){
for (int i = 0; i < 1000; i++){
System.out.print(i);
}
}
}
Disculpa si hay errores de sintaxis, no lo he probado pero debe de funcionar.
Saludos.