El size te devuelve el total de campos de la lista. Si tiene 50 te devuelve 50.

Hasta ahí bien. Pero piensa que se numeran de 0 a 49 eso lo tienes que tener en cuenta.

Si tú pones que imprima coma si es menor al tamaño (el if) siempre va a imprimir coma porque te devuelve el size 50 y siempre va a ser menor que 50 porque es de 0 a 49. No sé si lo habrás entendido. Te dejo el código que debe funcionar.

//Agregando los campos del select
            String [] seleccion = new String [27];
            for (int i = 0; i<modelo.size(); i++)
            {
                if (i<modelo.size()-1)// añadi un -1
                {
                    seleccion=(String) modelo.getElementAt(i)+",";
                   
                }
                else
                {
                    seleccion=(String) modelo.getElementAt(i);
                }
            }
            JOptionPane.showMessageDialog(null, seleccion);