No se que podría ser.
¿Que formato le has dado al disco duro externo? y,¿ que formato tienes en tu pc?

Alomejor podría ser por el formato.
A mi me pasaba lo que comentas, y era por el formato, lo cambiaba al mismo formato los dos discos duros, y entonces me iba bien, si no se me congelaba, o me decía que para copiar un archivo tardaría muchas horas o días.... congelándose  todo...

Creo recordar ponerle ntfs a los dos, pero no recuerdo, si tienes linux, pues ext4, no se juega con eso de los formatos haber si consigues que funcione bien.

También puedes probar de copiar los archivos por la consola de comandos con robocopy:
https://technet.microsoft.com/es-es/library/cc733145
o si tienes linux, con un programa parecido por terminal, no se ahora el nombre.

Es una idea, no se  si será eso.
También puede que tenga que ver si tienes desactivada la indización de archivos, que hace que se haga todo más rápido, si no me equivoco, corregirme si eso.

También podrias tener algún malware quien sabe.

Seguro te podrán decir algo más que yo.

Un saludo.