Bueno, hasta ahora solo lo he probado en virtual box, mi opinion sobre lo que preguntas:

Ventajas:
1-Trabajara mas rapido al estar instalado el solo en la pc y no virtualizado
2-Tendras tu hardware fisico trabajando directamente con la distro, es decir, mas aceleracion en el video, no tendras que estar instalando plugins en VB para utilizar el wifi USB....
2-Si el objetivo es utilizarlo para pruebas de [in]seguridad informatica, te evitas tener que instalar nma, metasploit, aircrack, etc, etc.

Desventajas
1-Puede (como yo), que no necesites la cantidad de herramientas que trae
2-No es una distro dedicada a entornos de escritorios ni trabajo diario, puede que existan algunos tropiezos, pero bueno, al estar Backtrack 5 basado en Lucid, creo que no existan muchos problemas.

Bueno, a mi entender, creo que esto vendria siendo lo mas fundamental, reitero que no lo he probado aun, a no ser en Virtualbox.
Saludos