Intenta botear desde un Live CD o una distro de Linux, abre tu Disco extraible y borra la carpeta desde ahí
Si el sistema de ficheros esta corrupto, eso NO ES BUENA IDEA, para nada, antes de nada, copia de seguridad.
Si hace eso, bajo un sistema de ficheros NTFS corrupto, las posibilidades de que linux se cargue la particion todavia mas aumentan.