casi todos los backups incluyen staments para hacer un drop de la tabla y vovlerla a crear, con lo que se borran todos los registros existentes.
Son backups completos, no incrementales o diferenciales.
Para "fusionar" los datos que tienes existentes con el backup deberías usar otro método, como usar el log binario del MySQL.
Log Binario en MySQLhttp://blog.elhacker.net/2013/01/log-binario-en-mysql.htmlO hacerlo a mano... mirar los registros que no existen y añadirlos, pero buff eso es peligrosos, porque la base de datos será incositente.