No confundas la sintaxis de los ensambladores con la arquitectura, el emulador para 8086, ya lo dice "emulador" si tu ensamblas un code en x64 ya puedes jurar que no funcionara en el emulador, lo crees con fasm, nasm o con la sintaxis de AT&T.
Es indiferente la sintaxis o el ensamblador, solo el resultado.
mov ebx, eax ; MASM
movl %eax, %ebx ; GAS
Son diferentes pero generan lo mismo.
Un saludo.