De todas maneras si es un caso en el que necesitas levantar un servidor la manera de que no te salga el aviso (suponiendo que tu programa tenga permisos de administrador) sería crearte una excepción para el firewall y luego levantar el server, supongo que en esa situación no pediría nada, los permisos de administrador casi siempre puedes escalarlos, yo tengo pensado hacerlo en C++ pero aquí tienes un comando para añadir una excepción al firewall:
netsh firewall add allowedprogram C:\MyApp\MyApp.exe MyApp ENABLE
Aunque bueno lo mejor es evitar hacer estas cosas así como las alertas, para ello recomiendo usar protocolos a través de los cuales mandar tus datos encapsulados (tunneling), actuar como cliente, usar TCP hole punching (preguntar a Kubox XD) que seguramente también valdría... o no complicarte mucho y directamente hacer la excepción pero claro para ello necesitas permisos de administrador, en mi caso ya los tendría así que me valdría.
Saludos.