Podrías explicar que ataque estas utilizando, o si estas utilizando airoscript (lo mas seguro) o estas con los comandos.
La ventanita roja, se suele minimizar al cabo de unos segundos, y aveces desaparece por que no has conseguido asociarte y tienes que repetir.
para saber si te has asociado correctamente lo puedes ver en la ventana "capturando datos en el canal x " en la columna donde pone AUTH debajo te tiene que poner "open"
y en STATION te saldra la mac del cliente asociado,(o la tuya ,si te has asociado tu mismo si no hay cliente.
Lo mejor es que te leas un manual y lo hagas mediante comandos, sino, a cada paso vas a tropezar
http://foro.elhacker.net/wireless_en_linux/manual_wifislax_wifiway_avanzado_wep_y_wpa_rockeropasiempre_heavyloto_y_zydas-t261907.0.html