No sé que programa es el que estas usando que trabaje bajo windows 3.1, pero en su momento habia programas que tenian un instalador que solo copiaba todos los archivos a una carpeta y funcionaba, pero habia otros que instalaba archivos .dll, por ejemplo, por lo que existe la posibilidad que el windows 95 traiga esos archivos .dll pero no la versión que corresponde y es por ello que no te funciona al 100% en W95.
Una opción es que instales el W3.1 y copies todos los .dll que recuperaste de la unidad C
Saludos.