Lo dejas como salido de fábrica
http://wiki.answers.com/Q/What_is_low-level_formatting?#slide=1Haber...
Explicándolo de manera sencilla "se configura el HDD a nivel hardware", es distinto a un "zero fill (rellenar con zeros)", se reestablecen de nuevo todas las estructuras del disco duro (tira de wikipedia para conocer un HDD) y elimina todo lo que contenga ese HDD, es muy buena opción para estar seguro que no hay malware o que no entregas datos confidenciales cuando vendas tu viejo HDD.
Herramienta:
http://hddguru.com/software/HDD-LLF-Low-Level-Format-Tool/Tarda lo suyo
También puedes utilizar la herramienta del fabricante del HDD, pero básicamente funcionan haciendo zero fills no reestablecen nada.