Buenas.

Para una correcta manipulación, el comando ICACLS se debe usar en combinación con el comando TAKEOWN, en orden contrario (Primero Takeown, segundo Icacls).

Modificar los permisos del disco local "C:\" de manera recursiva es una operación que requiere MUCHOS minutos de procesado (pues se procesan todas las carpetas y archivos, los cuales en un equipo normal suelen ser cientos de miles), no es algo que se pueda modificar en 1 segundo, ¿Estás seguro de que eso es lo que hiciste?, si te diste cuenta de que por error estabas modificando los permisos del disco C:\ (recursívamente), ¿en ese momento cancelaste la operación o dejaste que acabase?.

¿Puedes mostrar el comando exacto que usaste para modificar los permisos de C:\?.

De todas formas, para manipular/reparar el bootloader de Windows puedes usar la aplicaicón EasyBCD
-> http://neosmart.net/EasyBCD/

Y te dejo dos manuales para recuperar el Bootloader de Windows 8/8.1 usando EasyBCD:
-> https://neosmart.net/wiki/easybcd/tips-and-tricks/recovering-windows-bootloader/
-> http://superuser.com/questions/499675/how-to-restore-windows-8-gui-boot-loader-after-installing-windows-7

Saludos.

ya veo, en un principio diste a entender que lo hiciste diréctamente desde la consola (o yo entendí eso xD).

Entonces la solución es más sencilla,
En la mismia pestaña donde elimnaste los usuarios, crea uno nuevo (añades un grupo de usuarios global) y le asignas Control total.

Sigue estas indicaciones que hice:
 



El error que has tenido lo he reproducido en Windows XP,
en Windows 8 el procedimiento es el mismo aunque las opciones no están en el mismo lugar:



Con eso fue suficiente para solucionar la denegación de acceso al disco C:\ en mi caso, ¿te funcionó a ti también?.

Saludos