El problema es el siguiente el ventilador de mi gráfica hacia mucho ruido así que la saque para limpiarlo, al meterla y volver a encender el ordenador muestra el mensaje:  "Reboot and Select proper Boot device or Insert Boot Media in selected Boot device and press a key". He revisado que el HD este bien conectado, en la bios si me lo detecta, uso XP. No entiendo mucho del tema.

Ese mensaje de error es como que no está encontrando un dispositivo para bootear.
Posiblemente se haya movido alguna de las conexiones cuando sacaste el cooler de la tarjeta de video.

Para empezar a probar, te recomiendo que chequees nuevamente las conexiones, no solo las del disco, fijate que estén todas bien conectadas y no solo en el dispositivo sino que la que va enchufada al mother también.
También proba de desenchufar el disco y volver a enchufarlo.