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Hola, veamos si me se explicar, supongamos que somos magos y tenemos un espacio vacio donde no hay "nada" (Espacio no particionado) y en el creamos una caja (Partición) y la formateamos y dentro de ella guardamos cosas (datos).
Un dia nos cansamos y vaciamos la caja (formateamos) todo lo que habia en ella ha desaparecido (virus también) pero la caja nó, la caja puede haberse manchado (virus) dentro de la caja no abrá nada pero inpregnado en la caja sí.
Como somos magos, destruimos la caja y nos queda otra vez la "nada" (Espacio no particionado) creamos una caja nueva (partición) y la formateamos.
Ahora si que está limpita completamente.....
Creo que te he podido aclarar el pequeño error de concepto que tenias.
Saludos compañero.