Me respondo yo mismo, al parecer Windows Server 2012 va bastante mal ya que es como un Windows 8 pero para servidores.
Haciendo varios test de velocidad con el mismo servidor Windows Server 2008 da una velocidad de unos 500mb/s y Windows Server 2012 de unos 220mb/s, supongo que habrá alguna manera de mejorar eso pero si un S.O. nuevo creo que debería de ir mejor.

A parte para webs Windows Server 2012 da muchos problemas de incompatibilidad como por ejemplo con el sistema de foros SMF (el mismo que utiliza actualmente foro.elhacker.net).

Así que, yo recomiendo Windows Server 2008 y no dejarse engañar por el nombre, espero que Windows 9 tenga mejoras reales y buena compatibilidad, saludos.

Ya se que Linux tiene muchas ventajas de potencia ya que a penas consume, pero por ejemplo para el servidor de juegos he visto que en algunos casos se ha actualizado solo y por lo tanto se ha quedado cerrado el servidor (hasta que uno lo vuelva a abrir claro), también he visto que ese juego tiene muchos problemas de incompatibilidad con Linux.

Y también utilizo muchas herramientas de Windows, como ASP.NET 4.0, C++, MSSQL y cosas así...

Por mi utilizaría Linux con escritorio, pero hasta que no empiece a tener algo más de compatibilidad estable lo veo difícil, con solo decirte que no utilizo Windows Server 2012 por problemas de incompatibilidad...

Aún así Windows también tiene otras muchas ventajas, sobre todo el fácil manejo por control remoto.

Saludos.