Podés hacer un programa que modifique ejecutables para que cuando sea llamado, llame al programa original y a tu ejecutable...
Puedes hacerlo facil metelo en un paquete con iexpress los dos archivos que quieras ejecutar y cuando se valla a descomprimir el pakete ejecuta los archivos puedes cambiar el icono y los detalles del exe creado con iexpress con el ResHacker para que no se note la diferencia...