Disco defectuoso? Corte de suministro en momentos críticos en transferencias? Algún programa que haya modificado el sfc?

Si son archivos del propio sistema puede ser la hibernación, ya que si tienes win 7 y 8 en dual boot pueden haber problemas. Qué sistema o sistemas tienes instalados?

No sé qué ha sido, pero lo que no es recomendable es usar ese disco, repáralo y vuelva a pasar el scan. Si la tasa de bloques defectuosos movidos es muy grande puede que haya hecho que afecte a posiciones del propio sistema, cuidado.

Es imposible determinar qué ha podido ser sin más datos, y aún con datos porque puede ser cualquier cosa como las que te he dicho antes. Repara y comprueba.

Haz un scandisk con la opción de reparación, un hddregenerator, una restauración del sistema....

Yo lo que haría sería un formateo y comprobaría después de haber realizado lo de antes. Hay que sanar ese disco. Aunque puede que el disco esté bien y por lo que sea se haya corrompido el sistema de archivos, quien sabe...

Yo no me la jugaría así. Salva datos, repara disco e instala limpio. Si te quieres arriesgar...suerte.

Otra cosa que no se tiene en cuenta son las zonas de las que no depende el sistema. Aunque también puede ser que no pase nada y esté alarmando la situación. Pero lo seguro es hacer lo que te he dicho, así te libras de "posibles" problemas irrecuperables.