Me estoy dando cuenta de que no aplica todo el reg al completo utilizando el programa que has creado. No sé si es porque no se ejecuta como administrador. ¿Me podrías confirmar este último extremo?
Bueno, primero deberías comprobar que la instalación de las claves del script de registro, mediante el script intermediario en VBS, no esté lanzando ningún error (por falta de permisos, o por lo que sea). Para ello puedes cambiar el siguiente valor en el script VBS:
windowStyle = 0
por un "1":
windowStyle = 1
De esta forma, la ventana será visible, y si no da ningún error entonces habrá que pensar en cual podría ser la causa para que no se añadan todas las claves de registro, según dices.
Imagino que por tu parte ya habrás revisado el archivo REG para verificar que realmente están todas las claves que quieres añadir. Y que al hacer doble click sobre el archivo REG, este no da ningún error al añadir las claves. ¿Verdad?.
EDITADO:Si realmente necesitas automatizar la ejecución con permisos de administrador, puedes utilizar el programa
RunElevated (
https://robotronic.net/elevateen.html) o directamente puedes utilizar
RunAsRob (
https://robotronic.net/runasserviceen.html) también para ejecutarlo de forma oculta, al iniciar Windows. Échale un vistazo a la documentación.
Saludos.