El tipo de archivos no es el mismo.

Creo que no es lo mismo, no solo el tipo de archivos (y la cantidad, lo que indica un sistema totalmente distinto de almacenar la información) si no que la snapshot, me parece, sería un complemento por así decirlo, es decir una "foto", no la máquina entera.
Aunque si a alguien le da por crear una especie de conversor de VMware a VBox, daría en la tecla, ahora que se virtualiza tanto.