Hola.
taskeng.exe es un proceso legítimo de Microsoft que viene instalado por defecto en el sistema operativo, siempre y cuando el proceso lo tengas ubicado en los directorios C:\windows\System32 y C:\Windows\SysWOW64 junto a las copias de seguridad en el directorio de C:\Windows\WINSXS entonces no hay problemas para pensar que sea un "suplente" malicioso.
Ve a la ruta que has mencionado en "C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727" y comprueba si realmente el archivo taskeng.exe está ubicado allí, si no lo está entonces olvídate de que tengas ningún virus por favor, y si lo está entonces tampoco hay que preocuparse por el momento ya que en los casos más comunes un virus no suele expandirse a una carpeta "legítima" de Microsoft que requiera permisos de usuario, tú simplemente descárgate el antivirus MalwareBytes Anti-Malware (MBAM), actualiza la base de firmas de virus del programa y realiza un escaneo completo del sistema, si no te detecta el taskeng.exe como virus entonces como ya he dicho olvídate de esas historias.
A la cuestión de "¿por qué sale esa ventana del taskeng al inicio del sistema?", no sabría decirte sin poder estar fisicamente delante de tu PC y analizar el sistema, por que practicamente podría ser por cualquier cosa, ya que taskeng.exe es un proceso intermediario que se encarga de iniciar otros procesos/tareas (algo similar a rundll32.exe), podría ser desde un problema de compatibilidad de algún tipo hasta un simple freeze/cuelgue/bloqueo en alguna aplicación que se inicia, no se. Te sugiero revisar los procesos que se inician junto a Windows y desactivar o eliminar aquellos que realmente no necesites, para ello puedes utilizar por ejemplo la herramienta
WhatInStartup de NirSoft:
http://www.nirsoft.net/utils/what_run_in_startup.html
aquí dos capturas:


"Microsoft .NET Assembly Registration Utility" -Ese nombre corresponde o debería correspodner a una aplicación de Microsoft llamada REGASM.exe que se encarga de registrar ensamblados de .NET Framework en el sistema operativo (GAC), y ya con este último dato estoy casi convencido que el problema se trata de alguna especie de incompatibilidad o tal vez una especie de bloqueo por parte de algun proceso legítimo de Microsoft que hace que no se pueda terminar correctamente y/o a tiempo la ejecución del proceso regasm.exe o taskeng.exe. En un principio puedes eliminar el archivo regasm.exe sin problemas de tu sistema, si ves que te molesta entonces usa el buscador de Windows para encontrar el archivo y elimina cualquier coincidencia de él (excepto las copias de seguridad en "C:\Windows\WINSXS"), ahora, si una futura aplicación que instales necesitase registrar ensamblados de .NET en el GAC de Windows, no podrá hacerlo por la ausencia de regasm.exe.
Un saludo!