Hay varias formas, creando una tarea del sistema específica para iniciar una aplicación al iniciar sesión, añadir un valor a la clave de registro que administra las aplicaciones que se inician al iniciar sesión, o añadiendo aplicaciones/accesos directos en el directorio Startup, que eso parece ser lo que quieres:

"C:\Users\Nombre\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup"

PD: Si quieres conocer más detalles sobre las otras alternativas, haz una búsqueda en Google, la información abunda.

Saludos

He encontrado información que me sirve de algo. Me estoy interesando mas por windows que quiero entender mejor como funciona. Pero no estoy muy satisfecho.
Quiero dar un ejemplo muy productivo de lo  que quiero hacer.
Voy a ejecutar un .pdf, en ese pdf voy a combinar un .exe con el directorio al que quiero copiar que es %appdata%. Pero no puedo determinar la ubicación del usuario es decir:
Es un salto a ciegas.

Y pues hasta ahora es un método de los muchos que hay. Solo quisiera saber el nombre de algunos métodos que hay. No me interesan los códigos hechos, que quiero saber por propia cuenta como desarrollarlos.
Gracias por su tiempo. Saludos

Gracias de nuevo por tu respuesta, lo estoy usando en estos momentos.
Gracias y Saludos.

Gracias por avisar del error de escritura, sin querer me comí la i

Saludos!