ccleaner?

CCleaner o Argente te valdrán seguramente. En algunas ocasiones yo paso ambos, suele pasar que uno pille cosas que el otro no. No solo te limpiarán el registro sino que también hacen una pasada por las cachés más típicas (navegadores, etc)

Para asegurarte que dejas las cosas limpias cuando desinstalas aplicaciones, ya que Windows tiene bastante tendiencia a quedar con entradas de registro residuales después de desinstalar, te recomiendo también probar Revo Uninstaller.

El programa registra cuando instalas cosas nuevas y literalmente deshace todos los cambios cuando desinstalas a través del mismo.