¿Programa gratuito o de pago?
Con el Adobe Acrobat Professional (de pago) puedes quitar o extraer (extract) páginas de un fichero pdf, unir documentos pdf, etc siempre y cuando el documento pdf no esté protegido.
Gratuito tienes el PDFsam:
http://www.pdfsam.org/Un documento pdf se puede protreger (a la hora de crearlo) y se puede impedir imprimir, modificar, copiar contenido, extraer páginas, etc
Haz clic en "Herramientas" situado en la parte superior derecha
Haz clic en "Protección > Más protección > Propiedades de seguridad"
En la ventana que se abre, en "Permisos", marca la casilla "Restringir la edición e impresión del documento. Se necesitará una contraseña para cambiar esta configuración de permisos"
Otras herramientas muy usadas son el PDFCreator y Foxit Reader
http://www.pdfforge.org/pdfcreator