Primero entraré diciendo lo mismo que con todos los sistemas de pentesting... no son sistemas estables, ni maduros... no es bueno sacarlos de su configuración inicial, es decir son buenos en live... si quieres algo bueno como escritorio y a largo plazo puedes usar debian o algún otro sistema bien establecido...

dicho esto
sobre tu problema no se que lo causa, no hay más detalle... pero un parche de agua caliente que te puede solucionar es: en cron como root agrega este comando al inicio del sistema...

es decir, en consola como root ingresarás

cuando te pregunte editor, escoge nano (es el más simple)

al final del archivo agregas @reboot tu instrucción, con la ruta absoluta del fsck. Esto hará que al iniciar el sistema, se ejecute el comando, es decir al final del archivo colocas


luego presionas ctrl+x para salir y cuando te preguntes confirmas los cambios (con "y" )

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asumo yo que fsck está en sbin, si no sabes puedes colocar en consola


y sales de duda