¿Programa que ponga un gif delante de un programa, sin tener ventana?
Me ceñiré estrictamente a la pregunta formulada en el título.
El siguiente programa - por línea de comandos - lo desarrollé en el año 2013, cuando estaba empezando el aprendizaje de programación VB.NET. Esto significa que la estructuración del código fuente es una absoluta porquería en la que sigo malas prácticas de programación y metodologías poco óptimas (no tengo ganas de reescribir todo el código desde cero), con sus muchos defectos y limitaciones. Pero funciona.
El programa provee parámetros para indicar el tamaño y posición de la imagen a mostrar, así como la duración, poder hacer click para cerrar la imagen, poner la imagen sobre todas las demás ventanas (top most), y la posibilidad de usar un efecto de transición fade-in/fade-out para mostrar la imagen:
Recientemente (hace 10 minutos) actualicé el código para añadirle soporte para imágenes GIF animadas:

PD: en principio no tengo intención de corregir nada más en el código fuente ni añadirle nada más. Está para volver a hacerlo todo desde cero.
La versión inicial la publiqué en este foro pero el enlace de descarga está caído:
Atentamente,
Elektro.