Yo también utilizo desde hace años y recomiendo
Remove Empty directories (
RED), pero descárgalo de la página web oficial...
Y ya que estamos, te sugiero utilizar la siguiente lista de exclusión de directorios:
$RECYCLE.BIN
C:\ProgramData\Microsoft\Crypto
C:\ProgramData\Microsoft\Device Stage
C:\ProgramData\Microsoft\DRM
C:\ProgramData\Microsoft\IdentityCRL
C:\ProgramData\Microsoft\RAC\Temp
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\DRM
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Sqm
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Games
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\CLR_v2.0
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\Feeds Cache
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\Windows\AppCache
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\Windows\Application Shortcuts
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\Windows\Burn
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\Windows\Explorer\ThumbCacheToDelete
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\Windows\INetCache\IE
C:\Users\Administrador\AppData\Local\Microsoft\Windows\Notifications
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\Crypto
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\Internet Explorer\Quick Launch
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\SystemCertificates
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\AccountPictures
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Network Shortcuts
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Printer Shortcuts
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Recent
C:\Users\Administrador\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu
C:\Users\Default\AppData\Local\Microsoft\Windows
C:\Users\Default\AppData\Roaming\Microsoft\Windows
C:\Users\Public
C:\Windows\assembly
C:\Windows\Downloaded Program Files
C:\Windows\Help
C:\Windows\ImmersiveControlPanel
C:\Windows\Installer
C:\Windows\Logs
C:\Windows\Microsoft.NET\assembly
C:\Windows\Offline Web Pages
C:\Windows\Resources\Themes\aero
C:\Windows\ServiceProfiles
C:\Windows\servicing
C:\Windows\System32\catroot
C:\Windows\System32\config\systemprofile\AppData\Local\Microsoft\CLR_v4.0
C:\Windows\System32\config\systemprofile\AppData\Local\Microsoft\Windows
C:\Windows\System32\config\systemprofile\AppData\Roaming\Microsoft\SystemCertificates
C:\Windows\System32\DriverStore\Temp
C:\Windows\System32\LogFiles
C:\Windows\System32\Microsoft\Crypto
C:\Windows\System32\ProximityToast
C:\Windows\System32\RasToast
C:\Windows\System32\wbem
C:\Windows\System32\wbem\AutoRecover
C:\Windows\System32\wbem\MOF
C:\Windows\System32\wbem\MOF\bad
C:\Windows\System32\wbem\MOF\good
C:\Windows\SysWOW64\config\systemprofile\AppData\Local\Microsoft\CLR_v4.0_32
C:\Windows\SysWOW64\config\systemprofile\AppData\LocalLow\Microsoft
C:\Windows\SysWOW64\DriverStore\FileRepository
C:\Windows\SysWOW64\ProximityToast
C:\Windows\SysWOW64\RasToast
C:\Windows\Temp
C:\Windows\WinSxS\Backup
C:\Windows\WinSxS\InstallTemp
C:\Windows\WinSxS\Temp
System Volume Information
Algunos de ellos son problemáticos y no conviene eliminarlos, otros es inutil eliminarlos ya que el sistema operativo los restaura de inmediato, y otros no recuerdo por que los añadí, pero siempre fue por un buen motivo.
Saludos.