yo creo que el internet explorer no tiene "opciones de sonido", en todo caso tendrás que quitar el sonido del panel de control de Windows, no a través del navegador.
Supongo que cuando el Internet Explorer emite un sonido, pues lo hace a través del dipositivo de sonido por defecto que haya en Windows.
@echo off
reg add "HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\AudioSrv" /v Start /t REG_DWORD /d 4 /f
También puedes usar el devcon, el devcon es un administrador de dispositivos en línea de comandos
The DevCon command-line utility functions as an alternative to Device Managerhttp://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;311272