Hola necesito un programa que funcione en windows 98 , xp o 7 que me permita transferir archivos a un diskette de 3 1/2  que no me lea formato en windows ya que debe tener los archivos bajo formato de otro sistema operativo

¿Bajo otro sistema? ¿que sistema?

Una disquetera bajo W7 lee archivos en formatos desde el pretérito MS-DOS. Si es en otro formato diferente, como formatos de otros sistemas la cosa cambia bastante.

Espero que tengas una disquetera, hoy en día son difíciles de conseguir como no sea por USB

Obviamente, si el formato del disco no es reconocido por Windows, es posible que o bien el disco sea defectuoso, o que simplemente esté grabado en un formato que no reconoce. Saber que formato es sería el primer paso