sí, todo es ahi, para clonar debes usar el bootcd en el vmware agregando un disco duro físico, pero te saldría mejor no hacerlo en entorno virtual. Aún sigo sin entender exactamente al 100% lo q quieres lograr, pero si es lo que pienso para hacer eso yo hago una imagen y la meto en un disco externo, si quiero clonar esa imagen a otro disco no lo hago en entorno virtual. Lo hago normal, meto boot cd digo dnd está la imagen, le digo donde la quiero "restorear" y listo. Pero recuerda si es para otro pc, universal restore y meterle los drivers sata.

1º ya me lo imaginaba, pero te recuerdo que un disco conectado a sata no se puede desconectar así como así, al menos yo no sé cómo sin quitarle la alimentación apagando el equipo normalmente, lo máximo que sé es sleepearlos.

2º yo tb quiero hacer eso y "quería hacerlo" el propio acronis home 2013 tiene una opción para hacer un backup "on the fly" pero ese sistema es de pago, al menos yo no he conseguido utilizarlo. Para hacer eso que quieres existen otros métodos, pero son tantos que no sé cuál aconsejarte. Pero para hacerlo efectivo en algunas formas hay que reiniciar el equipo para que el sistema no esté en uso. Lo que se me ocurre a bote pronto es programar puntos de restauración, no funciona al 100%, pero a veces te saca de algún lío.

Aunque lo más seguro es probar una de estas alternativas:

-"FarStone RestoreIT"
-Smartclose - http://bmproductions.fixnum.org/index.htm?http://bmproductions.fixnum.org/smartclose/index.htm#downloads
-Single-Click-Restre-Point- http://es.download.cnet.com/Single-Click-Restre-Point/3000-2094_4-10806051.html
-System Restore Manager - http://www.thewindowsclub.com/system-restore-manager-for-windows-released

Ya nos dirás cuál te sirve mejor.

3º clonar no hace falta, se puede hacer, pero es mejor hacer una simple imagen incremental con Acronis o los programas que te he dicho anteriormente. Si no tardarás la vida en hacer un backup de 30-50-80 GB.

1º Tuto de particiones que resuelve tus dudas http://dognumentandome.wordpress.com/2010/01/13/tutorial-copia-de-seguridad-o-imagen-de-una-particion-con-clonezilla/
2º Si creas un archivo que contiene una partición entera de un disco, luego lo restauras y funcionará ok. Si clonas una partición a otro disco, pues tendrás el mismo resultado.

Ten en cuenta que si clonas un device entero a otro device vas a tener el mínimo de problemas, desconozco si el clonezilla te mete el MBR cuando clonas una partición de sistema, pero creo que sí, ya que si no no funcionaría, el Acronis seguro que sí lo hace por defecto.

Mi consejo es claro, si necesitas una forma para salir del paso usa el boot cd de Acronis, es lo más simple y lo que te puedo asegurar de que funciona sin complicaciones. Yo al menos lo veo así. Crea archivos incrementales o full backups, depende del tiempo o paciencia o espacio que tengas.

Si quieres hacer puntos de restauración por si el sistema se corrompe, las aplicaciones que te he dicho cumplen su cometido.

Un día se te fastidiará el sistema y no habrás usado clonezilla, mientras que las demás aplicaciones te hacen lo que necesitas automáticamente si se lo programas. Yo en breves voy a empezar a implementar esas apps, ya que si en el 8 es igual que en el 7 no funciona correctamente la restauración por defecto y hay que cambiarla por una de dichas apps.

Me cuentas.

Para todos los casos si no son particiones con solo datos necesitas copiar el MBR si no nunca arrancará el sistema operativo.