Dependiendo de tus necesidades, pero en general yo recomiendo truecrypt por varias razones:
- Gratis.
- Multiplataforma.
- Extremadamente seguro.
- Permite elegir los algoritmos de cifrado y hashes.
- La generación de claves se da en base a información aleatoria (no pseudoaleatoria) introducida por el usuario.
- Permite utilizar contraseña y archivo clave.
- No se nota la diferencia de velocidades.
- No necesitas NTFS.

Pero por otro lado:
- Hay que montar los volúmenes para usarlos.
- Se pueden eliminar los contenedores enteros.
- Los contenedores son fácilmente localizables (suelen ser archivos muy grandes).

Primero que todo, se dice "cifrarlo" no "encriptarlo".
Cuando creas un truecrypt, si usas el algoritmo más rápido (AES), no vas a notar casi ninguna diferencia de velocidad, esto dependiendo de que sistema tengas, pero generalmente, el cifrado/descifrado es más rápido que la velocidad del disco, lo que hace que no se note la diferencia entre una copia normal y una copia con cifrado. Todo esto depende de que sistema tengas, claro está, pero en una compu estandar, generalmente la velocidad de cifrado/descifrado es mucho mayor a la de escritura del disco.