Yo para cifrar/descifrar archivos utilizo una herramienta llamada Truecrypt, con dicha herramienta también puedes cifrar el disco duro entero, así cuando enciendas el ordendor te pedirá una clave de accéso.

El cifrado de disco duro entero nunca lo he utilizado, aunque tengo conocídos que sí, te dejo un enlace para que veas como funciona a ver si te convence. Cifrado de disco con TrueCrypt