La VPN cifra todo tu tráfico, DNS cifrado (creo que te refieres a DoH) es solo eso DNS.
Me refiero concretamente a programas como SimpleDNSCrypt. Yo normalmente uso la vpn de Opera, pero el navegador de Yandex incluye una opcion para cifrar el trafico DNS
pero si tu dices que la vpn tambien cifra el dns entonces seguire usando vpn