Jajajaja, espero que no creas que usar GNULinux significa que no se puede sufrir por todo tipo de malware y vulnerabilidades, pues definitivamente no es el caso. El ancestro directo de Linux y Minix si recuerdas fue el objeto del primer ataque global por medio de gusano de Internet. Explotaba bugs en servicios que tambien tienen o han tenido varios sabores de Linux como finger, sendmail y podia hacerse de una shell haciendo fuerza bruta a cuentas con passwords debiles. Entonces, desde ahi hemos podido presenciar un monton de malware/codigo malicioso dirigido a este OS y a varios de sus demonios mas comunes. Por otro lado recordemos que el magnanimo javascript tiene la virtud de ejecutarse en una variedad bastante grande de clientes con interfaz web. Aun usando un navegador que solo acepte texto, ahi estan las famosas inyecciones HTML.

Un saludo. 

De acuerdo. Como dato interesante ahi dejo este link sin animo de desgarrarnos las vestiduras ------->

http://www.darknet.org.uk/2011/01/java-based-cross-platform-malware-trojan-maclinuxwindows/

Como dije en un mensaje anterior de este hilo, si encontramos JVM como es comun hoy dia, esta abierta la posibilidad de que alguien aproveche eso para hacer, si no un malware multiplataforma, si algunos gusanos troyanos que puedan infectar a los tres OS mas usados: Windows, OSx y Linux. Ahora bien, en cuanto a javascript, sabemos de sobra que practicamente todos los browsers actuales, pueden ser vulnerables a algun tipo de payload por ese vector. IE, Firefox, Safari, Opera, Chrome con sus diferencias, pueden caer victimas de XSS si se dan las condiciones apropiadas. Independientemente si estan corriendo en una u otra arquitectura.

Que puedan controlar todo de todo, eso lo ignoro, pero de que es factible una infeccion y replicado, es posible.

Saludos.