Si claro. Para esto lo que podrías hacer es lo siguiente:
1 - Conectas el equipo dentro de tu red a la VPN.
2 - Configuras una redirección de puertos, en este mismo equipo VPN, de tal forma que todas las conexiones que tengas en INPUT con puerto destino UDP 53 las redirijas a través de la VPN, contra el servidor DNS que tu quieras.
3 - Configuras en el DHCP Server de tu router la IP del equipo VPN como servidor DNS.
A priori parece que no tiene sentido lo que pido ya que el ISP sigue pudiendo acceder al tráfico sin cifrar aunque su servidor DNS no capturase los dominios. Pero en los propios dominios es en donde va cifrada la información, y lo que me interesa precisamente es que no guarden los dominios.
Con todo, y aunque el tráfico vaya cifrado, la IP de destino (en la gran mayoría de casos) te permite saber mediante resolución inversa de DNS donde estás conectando exactamente. Si no, siempre tienes servicios de Whois para sacar más info.
Digo esto porque no se que ISP tendrás, pero si tienen los suficientes recursos, igualmente podrán sumarizar todos los dominios hacia donde conectas.
Un saludo