Buenas, he estado buscando un poco sobre el tema y he encontrado estos scanners para páginas web:

Clamscan -> http://www.eukhost.com/forums/f30/update-clamav-12451/
iscanner -> http://iscanner.isecur1ty.org/download/iscanner.tar.gz

Me gustaría sabes si vosotros conocéis o usáis alguno ya sea o no los listados.

El nikto parece interesante. Dejo el enlace para la posteridad:
http://cirt.net/nikto2