Así rápido se me ocurre que el primer sistema estuviese infectado con el Nod32 desactualizado o neutralizado entre comillas. También ayudaría el tipo de alertas que encontraron AVG y Emisoft, sin son autorun típicos, detecta x archivo como Trojan.
 

En un principio el análisis de firmas de las compañias puede ser compartido entre ellas, aunque no creo que todas, pero también puede influir si todas las herramientas que utilizaste estaban actualizadas a la hora del scan o algunas no, ésto no quiere decir que una vez actualizados desen un resultado diferente.

Podría ser de ayuda que posteases las alertas y para comprobar esos archivos puedes utilizar virustotal, por ejemplo hay varios servicios, analiza cada archivo que te da la alerta y verifica que motores detectan un archivo infectado.

https://www.virustotal.com/

Un saludo.