Hola me pasaba lo mismo y descubrí intentando cortar y pegar la carpeta en el mismo sitio que tenía un nombre tipo clave de registro. Buscando me encontré esta solución
https://superuser.com/questions/719355/2-empty-folders-still-appearing-on-desktop-even-after-deletionHaga clic en el botón Inicio de Windows y escriba regedit en el cuadro de búsqueda, luego presione Entrar.
Navegar a
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Explorer \ Desktop \ NameSpace
y expanda la rama NameSpace.
Eliminar las siguientes ramas:
0875DCB6-C686-4243-9432-ADCCF0B9F2D7
138508BC-1E03-49EA-9C8F-EA9E1D05D65D
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