Aquí por suerte o por desgracia tenemos algo de experiancia en este tema. La mejor manera es desmantelando la botnet.

Primero, centrate en parar los ataques y así será productivo para ti también el ataque.
Revisa https://foro.elhacker.net/tutoriales_documentacion/intentando_detener_un_ddos-t137442.0.html


Una vez que hayas configurado tus servidores Web y sus SO de la mejor manera posible en función de los servicios que ofrezcas, a por ella.