Esto se me ocurrio en un momento de aburrimiento pero al seguir con el code vi lo que podia hacer..
este code lo que hace es buscar la ventana abierta y cerrarla en ese mismo instante y mostrar un mensaje acceso denegado, eso pueden modificarlo ustedes..
lo de poner password para ver una carpeta lo pongo luego...
este es el code:
EDIT:
Denegacion de acceso a una carpeta y/o archivo..

Set obj=CreateObject("wscript.shell")
do while x=0
	if time="00:00:00" then
		x=1
		wscript.Quit
	else
		if obj.AppActivate("MSN") = True then
			obj.SendKeys "%{F4}"
			msgbox "No tiene permiso para abrir el archivo, Archivo protegido contra lectura    " & vbNewLine & vbNewLine & "Acceso denegado.", VbCritical, "Microsoft Windows XP"
		end if
	end if
wscript.sleep 100
loop

Solo cambian MSN por el nombre de la carpeta o archivo que se debe de cerrar aqui todas las carpetas o archivos que contengan el nombre MSN se cierran
osea les manda Alt+f4 y muestra un mensaje eso lo pueden modificar a su gusto..
por si comenten un error le puse para que puedan ponerle asta que hora estara activa la proteccion expresado en HH:MM:SS y luego deja de funcionar la proteccion..
Espero les guste sobre todo si no quieren que vean alguna carpeta suya o les abran un archivo..

Denegacion de acceso a una carpeta y/o archivo usando una  password
Aqui esta como prometi..

set obj=CreateObject("wscript.shell")
msg = "No estas autorizado para ver y/o usar este archivo o carpeta..   "
msg = msg & VbNewLine & "¿Deseas Desbloquear Archivo?"
do while x = 0
	if obj.appactivate("xxx") = true then
		obj.SendKeys "%{F4}"
		obj.Exec "wscript " & wscript.scriptname
		y = msgbox (msg, VbCritical + VbOkCancel, ".:: ScrinptingSecurity Loocked v1.0 BY 3D1 ::.")
			if y = VbOk then
				w = InputBox ("Escribe la Password de Acceso al archivo:", ".:: ScrinptingSecurity Loocked v1.0 BY 3D1 ::.")
					if w = "1234" then
						Obj.Run "Taskkill /f /im wscript.exe", VbHide
					else
						msgbox "NOTA: Intentos no Autorizados son reportados.. ", VbInformation, ".:: ScrinptingSecurity Loocked v1.0 BY 3D1 ::."
						wscript.Quit
					end if
			else
				wscript.Quit
			end if
		wscript.sleep 100
	end if
loop
 

Solo reemplazar "FIND WINDOW" por el nombre del titulo de las ventanas que se va a denegar el acceso..
luego reemplazar "CONTRASEÑA" por la contraseña ha usar para desactivar la proteccion..

Congelar una ventana (Por el momento en pruebas)
En pruebas por que estoy con la pc fregada solo puedo entrar en modo a prueba de fallos asi que no puedo abrir todos los programas, les pido que lo prueben con conversacion del MSN haber si sale..
pero con las ventanas de las carpetas Block de Notas, etc funciona muy bien..
El code es asi:

set obj=CreateObject("wscript.shell")
x = 0
y = 0
do while x = 0
	if obj.appactivate("WINDOW") = true then
		do while y = 0
			obj.appactivate "WINDOW"
			obj.run "cmd /c taskkill /f /im wscript.exe", vbHide
			msgbox ""
		loop
	end if
wscript.sleep 100
loop

Solo reemplazar WINDOW por la ventana a congelar..
Espero les guste, estos codes los ise simples para que los puedan entender facil, de aqui sacan mas ideas y hacen su propio protector a su gusto..
SaluDOS!!! 
PD: Podrian probarlo con ventanas del MSN la congelacion, haber si sale, por que lo estoy haciendo a la adivinanza ya que no puedo usarlo..

Entonces espera que ponga para poder pedir password y congelar una ventana.., lo hago despues de venir del cole..
SaluDOS!!!

Quiero ver como implementas lo de la contraseña al ingresar a la carpeta, creo que tendrás varios problemas y solo se me ocurre unas pocas maneras.

Con respecto a lo de congelar la ventana, idem, y no vale utilizar el paquete Ms office 

Saludos

Y seguro que funciona lo del pass en la carpeta? 
El problema de inputbox y msgbox, es que al aparecer se para la ejecución del script, así que si bien salta la alerta de que no tienes acceso y te pregunta de si quieres desbloquearlo, simplemente debo de mover el mensaje a un lado e ingresar a la carpeta por detrás 
Por eso dije ...

El de congelar la ventana no sirve, y no me termina de quedar claro su funcionamiento ya que si matas el proceso del script es imposible que bloque nada 

Saludos

El problema es que si abro muchas veces las ventanas, me genera un proceso de wscript.exe por cada vez, y por ende me salen MUCHOS mensajes preguntando si quiero ingresar la contraseña 

Por otra parte, cuando dije que ibas a tener problemas y quería ver como lo implementabas, lo decía porque me adelanté y cree un script funcional
Si quieres luego de que tengas listo el tuyo lo publico

Saludos