Son empaquetadores (packers), no compiladores, py2exe añade una versión "reducida" del intérprete, éste se descomprime junto al script empaquetado y los archivos necesarios en una carpeta temporal.

De todas formas py2exe es un software obsoleto actualizado por última vez en el 2008, y su soporte con py3.x es malo o nulo,
en su lugar puedes utilizar CXFreeze: http://cx-freeze.sourceforge.net/

saludos