• Iterar las lineas del archivo de texto.
• Comprobar si la linea actual contiene el caracter "=".
• Partir la linea en un Array usando el caracter "=".
• Deslizar el Array para eliminar el primer elemento que no nos interesa para nada.
• Unir el Array para obtener los datos deseados (en la variable value)

// Implementaciones
String.prototype.contains = function(str) {
    return this.indexOf(str) > -1;
};
String.prototype.trim = function() {
    return this.replace(/^\s+|\s+$/g, "");
};
 
var str = 
    '[Sección]                   \n' +
    'Variable1=Valor1            \n' +
    'Variable2=Valor2=más=complejo ';
 
var lines = str.split('\n');
 
for(var i = 0;i < lines.length;i++){
 
	if (lines[i].contains('=')) {
 
	    var parts = lines[i].split('='); 
	    parts.splice(0, 1);
 
	    var value = parts.join('=').trim();
	    // hacer con value lo que plazca...
	}
 
}

// hacer con value lo que plazca...

// hacer con value lo que plazca...

miarray.push(value);